Mediante la capacitación y actualización constante, la UIEM suma a sus aulas a siete catedráticos con el máximo nivel de posgrado, además de que tres de ellos pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores (SNI), y generan proyectos dentro de la casa de estudios, principalmente en Desarrollo Sustentable y Salud Intercultural, en beneficio de las comunidades de la región.
Para esta institución académica, la investigación tiene como función sustantiva integrar el diálogo de saberes y valores ancestrales de los pueblos originarios del estado, con el conocimiento científico, para generar condiciones que favorezcan la solución de problemáticas locales.
Una de las principales funciones de la UIEM es reconocer la transformación cultural en el contexto de la globalización, que amenaza las prácticas antiguas y saberes colectivos valiosos para el desarrollo socioeconómico y sustentable de los pueblos.
LA UIEM cuenta con un equipo de profesores investigadores en el área de la salud quienes desde la Etnobotánica analizan procesos de domesticación de plantas útiles, así como sus propiedades medicinales.
Actualmente colabora con otras instituciones para iniciar investigaciones en el área de Nanomedicina y así poner a la vanguardia en esta rama a la Universidad Intercultural, de tal modo que sus egresados puedan competir con profesionistas a nivel nacional e internacional.